关于日本人的起源，历来是众说纷纭。而且，日本对外宣称自己是单一民族所构成国家，事实上其国内还有琉球族、阿伊努族、朝鲜族等少数民族。不过，日本唯一承认的少数民族就只有2万多人的阿伊努族，把其他民族都划进了和族的范畴里。那么，日本人的祖先究竟来自哪里呢？

大约1万年前，日本本地人已经拥有了土著居民并形成了他们的“绳文文化”，这是由日本记录的最早的文明时代。但是，绳文时代的日本小于和族并具有较大的面。中国在古代，日本的和族是一个和尚，因为它们很短，但绳文时代的日本土著实际上更短。

经过数千年的演变，日本文明进入了历史的“边亚时代”。在此期间，在日本列岛上有数百个小国，而同期的中国则是从战国后期到西晋。在公元前3世纪到公元3世纪期间，中间经历了秦，两个汉和三国。

日本的历史学家认为，弥生时代的日本岛上有新的种族。它们与绳文时代的土著矮人不同，并且具有更高的高度。据日本专家介绍，弥生时代的新种族是从古代的贝加尔湖，古代的朝鲜（箕子朝鲜,卫氏朝鲜,三韩部），古代的中国（燕国，秦，汉，三国等）跨海移民，他们和日本的土著居民混在一起，并将先进的生产技术带到了日本列岛，这为后续的和族生成奠定了基础。而且，从弥生时代开始，日本人才学习水稻种植，人口开始增加，各国战争频繁（真正的村民反抗）。

在公元3世纪左右，日本列岛上的邪马台国曾经向三国之一的魏国进贡美女（《三国志·魏志·乌丸鲜卑东夷传》有记载）。后来，这个邪马台国被新兴的大和国消灭，从而产生了和族这个民族，这就是日本人的祖先。和族这个民族在日本历史上逐渐发展壮大，用了1千多年时间才统一了日本列岛，而现在认为最早统一日本的人是丰臣秀吉。

今天的日本关西地区是大陆人血统占主导地位，而关东地区则有相当数量的海岛基因，但也依然以大陆人的血统为主。

所以今天的日本人在血缘上与韩国人是十分接近的。

根据DNA检测，日本人与韩国人的Y染色体DNA单倍型类群，像是高比例的单倍型类群O-M176及一定比例的单倍型类群C-M130都具有极高的一致性。

而单倍型类群O-M176在中国却并不常见，因此中国和日本更多的是文化上的交流，而不是基因。