1863年6月13日，石达开所部在安顺场大渡河畔全军覆灭，但石达开远征军此时并未完全消亡，尚有赖裕新和李福猷两支余部仍在坚持和清军战斗。

赖裕新部 赖裕新是金田起义时就参加太平军的老革命，是石达开最为忠实的部下和远征军后期最为得力的干将。自1859年底石达开在江西分全军为五旗，赖裕新就掌军中旗，其后一直率领中旗作战。在1862年11月，石达开就命赖裕新率中旗进军川西，吸引入川作战湘军的防守，以掩护大部队入川。1862年11月15日赖裕新率中旗从贵州郎岱厅出发，绕了个大弯，于1862年12月31日，由云南巧家渡过金沙江，进逼宁远府(今西昌)，沿途有川、滇失业群众数万人加入太平军，赖裕新部达到了4万余人。

为配合石达开主力顺利挺进四川，1863年3月19日中旗部队离开西昌沿安宁河西岸小路急速北进，穿过泸沽后直逼越西。3月23日晚，中旗大队向越西发动进攻，但狡猾的敌人在中旗必经之路腊关顶山上安设了滚木擂石，此山海拔虽不算高，但岭谷落差大，滚木擂石的威胁很大。3月24日，当中旗大队进入白沙沟时，滚木擂石俱下，赖裕新在组织部队进攻时为滚木击中，当场牺牲，但中旗士兵仍大部分奋勇杀出。中旗部队在推举唐日荣和杨远富为新统帅后继续北进，并在3月31日抢占大树堡，并以布匹连船为浮桥，中旗大部分部队顺利渡过河，渡河后仍继续北进。一路攻击前进至荥经、天全、邛州（今邛崃）、大邑、崇庆、温江、郫县、罗江、三台而至平武，复从平武山内进入甘肃文县边界的毕口才摆脱清军追击，部队一度距离成都只有数十公里，但一路被清军尾随追击，去成都无疑是送死！

后闻知英王陈玉成派出由扶王陈德才率领的西征大军到了陕西汉中，中旗残部向陕西进军。终于在1863年秋，唐日荣率领的中旗几千人马和启王梁成富的西征大军在陕西褒城会师，由此这一部太平军在历经了千险万苦后又汇入了大部队。后在1864年正月，随扶王陈德才回救天京失败后，中旗又在遵王赖文光的率领下和捻军合并，一直奋斗到了捻军失败才告终。

李福猷部 李福猷的身世因史料缺乏，较为模糊。据清军公文推测，他可能是广西一支天地会起义军首领，可能是石达开的同乡或者旧识，加上他有勇有谋，颇受石达开信任，是远征军后期石达开军中仅次于赖裕新的重要将领。

1863年4月，石达开抢渡金沙江西进时，命李福猷率领三万人进军贵州，回攻川东以作疑兵。李福猷也和赖裕新一样，很好地执行并完成了石达开布置的任务，正是由于这两支疑兵的作用，使得石达开率领的主力才得以在1863年3月24日从米粮坝轻松渡过金沙江后直奔大渡河二区。后李福猷经云南镇雄入贵州毕节、遵义、务州，于8月20日攻克黔江，准备按原计划与石达开主力配合作战，直到此时才得知石达开率领的本军早在两个月前就已经覆灭，原定进取成都的计划无法实现了。李福猷部打算取道湖南回归天京，但在湖南境内被湘军一路追击，屡战屡败，无奈退回到广西后又是一败再败，最后退回了广东北部老家连州，被乡绅团练曾庆襄等人诱捕，全军覆灭，李福猷也于1863年12月在广州英勇就义。